本发明属于图像处理技术领域，公开了一种基于层间偏移校正的心脏磁共振图像分割系统，所述基于层间偏移校正的心脏磁共振图像分割系统包括：图像数据获取模块、图像数据预处理模块、数据传输模块、中央控制模块、模型构建模块、图像分类模块、图像分割模块、数据存储模块、更新显示模块。本发明提供的基于层间偏移校正的心脏磁共振图像分割系统，简单高效，将错位层拉回到准确的质心位置，校正与分割同时进行，能够达到校正的目的，实现心脏磁共振图像亚像素级的精确分割，提高了去噪性能，使得去噪过程具有更好的解释性，提高分割的准确率，解决了现有心脏磁共振图像分割系统难以对心脏磁共振图像进行精确的分割，主观性强，重复性差的问题。