本发明属于图像处理技术领域，公开了一种融合边界损失的心脏磁共振图像配准系统，融合边界损失的心脏磁共振图像配准系统包括：图像采集模块、图像预处理模块、中央控制模块、图像特征提取模块、预配准模块、配准模型构建模块、配准模型训练模块、配准模块以及显示模块。本发明的融合边界损失的心脏磁共振图像配准系统能能够实现心脏磁共振图像的高精度配准，在配准方法的精度、鲁棒性、适应性多个方面均得到了较大提升。本发明通过预配准以及融合边界损失的精配准在一定程度上解决了配准中存在的边界失配问题，极大的提升了配准的精度。同时本发明还能够提升配准的效率。