本发明公开了一种精细检测多层电路板层偏的系统及其检测方法，它包括从左往右顺次固设于工作台台面上的料盘、液压滑台和热压合成型装置，所述料盘的顶表面上且从左往右顺次固设有立柱，立柱的外径从左往右依次递减，每个立柱上均套设有多个与其滑动配合的套环，压紧气缸的缸筒固设于槽钢凹槽的底部，压紧气缸活塞杆的作用端上固设有压紧板，压紧板与挡板相对立设置；热压合成型装置包括固设于工作台台面上的龙门架，龙门架的横梁上固设有液压油缸，液压油缸的活塞杆贯穿横梁设置，且延伸端上固设有热压头。本发明的有益效果是：结构紧凑、极大提高多层电路板层偏检测精度、极大提高多层电路板层偏检测效率、自动化程度高。