本发明涉及一种药物废水的高值化处理方法。本发明采用价格低廉、绿色环保的三价铁盐为氧化剂构建液流燃料电池系统，在太阳光照下即可将药物废水中有机药物分子（如抗生素）高效降解去除，同时可充分利用降解过程释放的化学能而耦合发电，将自然能源转化为清洁电能，而不需要引入外在辅助能量，极大地降低了能耗和成本，在无害化处理药物废水的同时，实现了高值化利用药物废水，具有更好的经济性和环境友好性。