本发明提供了一种固液变推力发动机智能控制器设计方法和系统，包括：以固液变推力发动机的实际推力、推力误差、电动泵的功率和可变文氏管的阀门开度作为观测输入，以电动泵和可变文氏管的控制指令为控制器输出，构建目标强化学习控制器；推力误差为实际推力与固液变推力发动机的期望推力之间的误差；电动泵为固液变推力发动机的氧化剂回路的增压电动泵；电动泵为低功率电池驱动的电动泵；基于目标强化学习控制器，设计固液变推力发动机的智能控制器。本发明缓解了现有技术中存在的由于电动泵存在的低功率驱动及电池低能量密度约束导致的难控制的技术问题。