本发明公开了一种基于中深层地热能的钻孔供热系统，包括换热器、循环泵、热泵、供热管路和水过滤装置，换热器包括外套管、换热管和内管总成，外套管设置于钻孔中，换热管和内管总成同轴设置在外套管内，换热管固定安装在外套管底部且贯穿外套管，外套管通过换热管与钻孔连通；换热管顶部安装有定位载座，定位载座上设有定位口；内管总成包括内套管、上层内管和下层内管。通过在外套管内额外设置换热管，可在不增加换热器整体长度的条件下，增加换热器整体的换热面积，增加换热量，提高液体换热介质的温度；水过滤装置可过滤供热管路中的杂质，避免供热管路堵塞；在进行杂质清理时，循环泵无需停止工作，可大大提高了地热的利用效率。