本实用新型公开了一种基于中深层地热能的集中供热低碳化改造系统，在改造过程中，在本系统的末端热力站增设热泵机组，由热力站热泵机组为二次网回水进行一级加热；在热源侧加装中深层地热地埋管单元和热泵机组单元，由中深层地热地埋管单元和热泵机组单元为改造中一次网回水供热。改造完成后，在本系统的末端热力站取消板式换热器单元，设置热力站热泵机组单元，为二次网回水进行加热；在热源侧设置热源侧热泵机组单元为一次网回水供热。本发明以中深层地热能热泵供热系统为基础，分阶段逐步低碳化改造，最终实现中深层地热地埋管热泵供热系统完全替代传统化石能源，并且，保留燃气锅炉作为调峰热源和安全保障，大幅度降低供热碳排放的目标。