本公开涉及频谱分析技术领域，特别涉及了一种中频信号处理系统及处理方法，包括测量参数设定模块，获取测量参数设定信息；数据采集模块，获取目标中频信号并转换为目标数字信号；控制解析模块，当信号处理模式为第一信号分析模式或当信号处理模式为第二信号分析模式且分辨率带宽大于预设阈值时，将目标数字信号传输至第一信号分析模块，当信号处理模式为第二信号分析模式且分辨率带宽小于等于预设阈值时，将目标数字信号传输至第二信号分析模块；第一信号分析模块，采用数字滤波方法对目标数字信号进行频谱分析；第二信号分析模块，采用快速傅里叶变换方法对目标数字信号进行频谱分析。上述系统既能够实现高精度测量，又能实现快速扫描测量。