本发明公开了一种初级错齿磁悬浮永磁直线同步电机，涉及磁悬浮永磁直线同步电机领域，该初级错齿磁悬浮永磁直线同步电机的初级结构和次级结构沿着垂直于水平面的法向方向相对设置，初级结构包括沿着水平面布设的两个悬浮初级和一个推进初级形成分段式结构，两个悬浮初级在水平纵向上对齐，推进初级在水平纵向与两侧的两个悬浮初级错开预定距离形成错齿结构，悬浮初级的绕组和推进初级的绕组分别用于调节悬浮力和推进力。该电机实现了悬浮系统与推进系统的电路和磁路的双解耦，实现了全负载范围电机三维电磁力波动的有效抑制，减少了控制环节与控制难度，降低了电机三维电磁力波动，提升了电机系统直线定位精度。