本发明公开了一种多余度的飞行控制器，解决了无人机飞行控制器的安全余度问题，提升了飞行控制器在复杂环境中稳定运行的性能。一种多余度的飞行控制器，包括第一中央处理器、第二中央处理器、心跳监控模块、第一IMU传感器、第二IMU传感器、切换开关和电源模块；所述第一中央处理器不停地读取第一IMU传感器的数据，当第一中央处理器读取的数据正常则向心跳监控模块发送第一心跳信号，反之则停止发送第一心跳信号；第二中央处理器同上；心跳监控模块根据心跳信号通过切换开关来选择第一中央处理器或第二中央处理器二输出PWM信号。达到了发生中央处理器和IMU传感器失效，飞行控制器还能继续稳定运行的目的。