本发明公开了一种在影像诊断中自动生成报告的方法及系统，其中所述方法包括：读取患者标识信息，调取相应的医学诊疗影像信息，判断所医学诊疗影像信息与患者标识信息是否匹配，如果匹配则调取相应的医学诊疗影像，使用对应的第一神经网络模型对医学诊疗影像进行特征提取，基于提取的特征使用第二神经网络模型生成初始诊断语句，基于初始诊断语句使用第三神经网络模型生成自然语言的病历报告。本发明可防止医学诊疗影像匹配到其他患者进而生成错误的诊断报告；并对多种医学图像进行处理自动生成诊断报告，能够为大量的病人及医生提供帮助，节省看病就诊时间，提高诊疗效率；提高了诊断报告的准确性。