本发明公开了一种可对不同厚度的病灶组织进行吻合的电动吻合器，涉及到电动吻合器技术领域，包括操作手柄、固定连接于所述操作手柄一侧的连接杆、固定连接于所述连接杆一端的安装头，所述安装头的顶部滑动连接有钉仓座。本发明结构合理，避免了对不同厚度的组织施加同一大小的压紧高度，压紧力过大导致缝合组织损坏，或者压紧力过小导致压紧力不足而影响缝合，实现根据不同位置厚度的组织，切换不同规格的缝合钉进行缝合，实现了对不同位置处不同厚度的组织进行缝合，避免了不同厚度的组织吻合时，厚的组织吻合时缝合钉弯曲吻合不足，吻合后较容易从吻合处脱落，薄的组织吻合时缝合钉吻合力不够，吻合时的止血效果较差。