本发明公开了一种中心药房用自动配药系统，包括放置在移动推车上的配药箱以及放置在病房内的对接装置，配药箱包括用于将药物分类存储的存药装置、用于将药物按照医嘱进行分配的传输装置、将分配好的药物进行打包并发放至患者的打包装置以及将打包好的药物自动取出的出药装置，配药箱上设有带有显示屏以及扬声器的控制器，配药箱的侧壁上固定连接有用于识别录入患者信息的扫码器，扫码器与控制器电连接，控制器通过患者信息控制存药装置、传输装置以及打包装置运行从而给患者进行配药，本发明自动配药，此过程无需医护人员进行人工分配，降低了配药的难度，使整个过程变得省时省力，保证了患者的生命健康安全。