本发明公开了一种多通道微纳耦合式光纤滤波器及多通道选择滤波的方法，包括光源、探测器、多路微纳光纤耦合结构、第一及第二2×2光纤开关、光纤环路以及光纤偏振控制器，多路微纳光纤耦合结构由n根输入光纤和n根输出光纤构成，其中n≥3；光源和探测器通过第一2×2光纤开关连接至多路微纳光纤耦合结构中任意两根输入光纤，选定与该两根输入光纤对应的两根输出光纤作为输出端口，分别连接至第二2×2光纤开关的两个输入端口，第二2×2光纤开关的两个输出端口连接长度固定的光纤环路，光纤环路内连接有光纤偏振控制器。本发明作为多通道的微纳耦合式滤波器件，可以通过切换不同的输入输出光纤对，来实现不同滤波特性的调谐。