本发明公开了一种基于量子点荧光探针阵列的重金属离子检测方法，包括以下步骤：根据不同荧光探针对不同重金属离子的响应特性，将不同荧光探针排列形成荧光探针组合；将荧光探针组合分别与去离子水和待检测溶液混合，然后加入微腔室阵列，分别形成空白对照组和待检测溶液组；将微腔室阵列放置在荧光检测系统里进行荧光检测并拍照，对拍照结果进行RGB识别，将空白对照组RGB值和对应腔室待检测溶液组RGB值的差值与设定的阈值进行对比，超过阈值为灭，记为“0”，低于阈值为亮，记为“1”，根据二进制代码组合检测重金属离子是否超标。本发明可以快速判定待检测溶液中是否有特定的重金属离子超标，实现了半定量检测水环境中重金属离子。