本申请提出一种燃料电池空气供应系统，包括主供气回路、辅助供气管路、混合器和燃料电池电堆，所述主供气回路上从进气端到出气端依次设置有过滤器和第一调节阀，所述辅助供气管路与所述主供气回路相连，所述辅助供气管路进气端位于所述过滤器和所述第一调节阀之间，所述辅助供气管路上从进气端到出气端依次设置有电磁阀、储气装置和第二调节阀，所述混合器分别与所述主供气回路的出气端和所述辅助供气管路的出气端相连，所述燃料电池电堆与所述混合器相连。本申请增加了辅助供气管路，依据实时空气污染物浓度，切换供气方式，优化了燃料电池系统工作于高污染物浓度环境时进入电堆的空气质量，延长了电堆和空气供应系统的使用寿命。