本发明公开了一种类别不平衡样本的处理方法和系统，包括以下步骤：获取原始样本，所述原始样本包括原始多数类样本和原始少数类样本；对所述原始样本的样本特征进行分析，根据分析结果确定代表特征；基于所述代表特征，确定所述原始多数类样本的类内离群点，删除所述原始多数类样本中的类内离群点，得到目的多数类样本；和/或，基于所述代表特征，确定所述原始少数类样本的核心种子簇，基于所述核心种子簇对所述原始少数类样本过采样，得到目的少数类样本；基于所述目的多数类样本和/或目的少数类样本，生成均衡样本。本发明类别不平衡样本的处理方法，可缓解重要信息损失、合成样本重叠、过拟合等现象。