本发明公开了用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物、检测方法和应用，属于高通量测序技术领域。该检测方法包括：提取检测对象的基因组DNA，将基因组DNA依次进行片段化、纯化和Pre–PCR扩增反应，得到目标区域DNA文库；通过芯片对目标区域DNA文库的目标基因编码区和临近剪切区的DNA进行捕获和富集，得到目标区域文库；用高通量测序平台对目标区域文库进行基因检测，得到的测序数据与基因组DNA的参考序列进行对比，发现存在的基因突变并进行数据分析，得到与肌萎缩性侧索硬化症致病相关的基因突变信息。本发明具有灵敏度高、针对性强、覆盖全面、通量大、准确性高等优点，在临床诊断和药物开发方面有巨大的应用空间。