本发明公开了一种酶法合成丙二醇脂肪酸单酯的方法，属于油脂加工技术领域。在氯化胆碱或甜菜碱与丙二醇组成的低共熔溶剂中采用脂肪酶催化酯化制备丙二醇脂肪酸单酯时，由于氯化胆碱或甜菜碱的引入，反应界面变大、界面张力变小，并且反应过程中生成的水分可被低共熔溶剂通过形成氢键所捕获，从而使酯化反应速率大大提升，产物中丙二醇脂肪酸单酯含量显著提升；再者，反应结束后通过离心即可实现丙二醇脂肪酸单酯与低共熔溶剂的分离，产物分离简单、效果好。该方法反应速率快，丙二醇脂肪酸单酯产量高，产物分离简单、效果好且绿色环保，具有良好的经济、生态效益和工业应用前景。