本发明提供了一种盾构隧道预制箱涵件拼接自动排序系统和方法，由隧道数据采集模块、箱涵件数据采集模块和箱涵件排序工控机组成。具体方法如下所述隧道数据采集模块采集隧道信息，并将点云数据发送给箱涵件排序工控机；所述箱涵件数据采集模块采集箱涵件信息，并将图像数据发送给箱涵件排序工控机；所述箱涵件排序工控机处理点云与图像数据，分别得到隧道轴线和箱涵件精确尺寸，进而得到箱涵件在隧道中的拼接序列。本发明有效的降低了预制箱涵件拼接时的调整难度，极大的提高了预制箱涵件拼接质量；此外，还可以提供预制箱涵件间的相对位置，指导安装装置拼接预制箱涵件，简化了拼接检测过程，提高了预制箱涵件拼接效率。