本发明公开了一种基于多组学相似度引导的药物敏感性预测方法和装置，包括：基于细胞系的多组学数据构建的细胞系图能够充分整合个体细胞系的基因组学数据、转录组学数据、蛋白组学数据、代谢组学数据这四类多组学信息，相比现有的细胞系表征方式，能够容纳更多种类的组学信息，同时也充分考虑细胞系在多组学层面其表达的产物之间的潜在联系；在此基础上，基于细胞系图进行药物敏感性预测的药物敏感性预测模型，采用多组学相似度引导方式，在高效提取个体特异性的多组学信息的同时，能够充分考虑个体之间的多组学相似性，能够提供巨大的生物学先验知识，从而实现更加精准的药物敏感性预测。