本申请涉及二次设备监测的领域，其具体地公开了一种电力系统二次设备的监测系统及其监测方法，其通过基于上下文的编码器模型分别对单个电网节点的部署的二次设备采集的各项测量值数据以及多个电网节点的各项数据进行全局性高维关联特征提取，并且计算得到的所述特征向量之间的距离以作为参数拓扑特征矩阵，进一步再利用图神经网络提取出数据样本由于特征信息和不规则的拓扑结构信息而存在的关联信息，并且计算所述测量值拓扑特征向量和所述测量值特征向量之间的标签类别进化因数来作为损失函数值训练模型，以提高分类的准确性。这样，可以对每个所述电网节点数据进行压缩，从而保证二次设备的监测准确性和时效性。