本发明涉及煤矸石分离技术领域，具体的说是一种煤矸石分离系统及其分离方法，包括动力机构、排列装置、支架、筛选装置和传送带，所述传送带两侧均固定有支架，两个所述支架之间安装有排列装置，且所述排列装置位于传送带上方，所述排列装置一端连接有动力机构，所述排列装置另一端底部连接有筛选装置，且所述筛选装置底部连接于传送带一端。本发明通过筛选装置和限压机构的设计，可以将排列成直线的煤块中的煤矸石分离出来，还能将多分离出来的煤块进行进一步破碎回收，减少分离煤矸石过程中煤的损耗，且通过排列机构和转动机构的使用，使得筛选过程更加的顺畅，分离效率更高、分离速度更快。