本发明公开了一种动车组长轴侧齿轮箱检修自动定位夹紧系统及方法，该系统包括双工位翻转机、电气控制系统、长轴侧齿轮箱定位夹紧机构、拉杆游隙调整外侧工装、拉杆游隙调整内侧工装、盖板开合机构以及顶尖机构；长轴侧齿轮箱定位夹紧机构包括夹具体背板、水平横移机构、竖直升降滑座、齿轮箱支撑臂、齿轮箱竖直托举工装、长轴侧齿轮箱下箱体定位夹紧工装以及竖直升降滑座锁紧手柄；通过竖直升降滑座确保齿轮箱下箱体与大齿轮轴及两侧轴承座无缝结合；通过下箱体定位夹紧仿形工装确保齿轮箱前后方向和左右方向的精确定位；通过丝杠升降机和电机驱动所述盖板开合机构自动开合；通过电气控制系统控制顶尖机构动作实现齿轮箱轴承游隙自动化调整。