本发明提供一种基于光子芯片病毒变异概率的预测方法，属于光芯片技术领域。因为在本发明所涉及的基于光子芯片病毒变异概率的预测方法中，通过在光子芯片上建立多个预测层和通过层，并赋予每个预测层中的任一分割节点发生变异的概率值，使得光束在具有一个分割节点的预测层射入，并在与最末端的预测层相耦合的连接层输出一系列通过节点，通过分析该一系列通过节点透射出来的光束的强度，进而可以同时输出病毒中变异位点发生变异的所有可能性。所以，本发明提供的方法无需进行大量的模型训练过程，并且可以同时输出病毒发生变异位点的所有可能性，大大提高了病毒变异位点的预测速率。