本发明提供了一种永磁凝结水泵转速控制方法、系统、电子设备及存储介质，属于自动控制技术领域。该方法包括：获取凝结水泵的实际转速以及电机下发的指令转速；根据数字PID控制方法确定实际转速与指令转速之间的控制偏差；根据控制偏差以及预设偏差开度曲线，确定控制偏差对应的永磁调速器中的磁体的目标开度；控制永磁调速器中的磁体的开度为目标开度，以使凝结水泵以目标开度对应的目标转速运行。本发明通过预设偏差开度曲线对PID计算得到的控制偏差进行进一步调整，在凝结水泵的负荷发生变化的时候，通过调整磁体的开度使得凝结水泵以平缓的方式调整转速，缓解了水泵转速摆度较大的问题，有效降低了水泵运行时的能耗。