本发明涉及一种基于AT指令的远程终端控制方法及系统，尤其涉及远程控制技术领域，所述系统包括，注册模块，用以对终端进行用户注册；加密模块，用以对注册成功的终端进行加密并生成安全密钥，其与所述注册模块连接；存储模块，用以对生成的终端识别码和安全密钥进行存储；验证模块，用以在终端配对时对主控端进行安全验证，其分别与所述加密模块和所述存储模块连接；接收模块，用以接收配对成功的主控端发送的AT指令，其与所述验证模块连接；转换模块，用以对接收的AT指令进行协议转换，其与所述接收模块连接；发送模块，用以将协议转换后的AT指令发送至受控端，其与所述转换模块连接。本发明有效提高了远程控制的安全性。