本发明提供了一种确定暗物质与已知物质关联程度的方法及系统，属于环境生态科学领域。本发明通过构建暗物质与已知物质的整体网络并且计算出网络稳定性，去除零假设对网络产生的影响得到校正过后的网络稳定性，通过比值的方法去除整体网络对不同组分子网络产生的影响，得到各组分与暗物质所构建子网络的网络稳定性随环境梯度的定量结果。本发明去除了已知与暗物质整体网络的影响，能够更加准确地推断出各组分在不同环境下与暗物质的网络稳定性的变化趋势，为环境内所有物质的组成变化以及暗物质的成分提供参考信息。