本发明提供了一种离子液体型农药微胶囊及其制备方法，属于农药微胶囊技术领域。本发明将农药原药、有机助溶剂、离子液体和二异氰酸酯类单体混合，得到油相；将表面活性剂与水混合，得到水相；将所述油相加入到所述水相中，进行乳化和加热，得到O/W型乳液；将所述O/W型乳液与多元胺、水混合，进行界面聚合反应，得到离子液体型农药微胶囊。离子液体具有低毒性，本发明以离子液体作为油相成分，能够溶解农药原药且不与农药原药反应，可以部分代替有机溶剂参与界面聚合反应的进行，从而降低农药微胶囊制备过程中有机溶剂的使用。同时，离子液体具有很好的紫外稳定性，能够提高农药微胶囊的紫外线屏蔽效果，维持农药的生物活性。