本发明属于农产品质量安全检测技术领域，具体公开了一种便携式可视化、定量分析双功能免疫层析系统及方法，其中系统包括：检测平台，包括用于对荧光免疫层析试纸进行检测并产生检测信号的检测模块；光源模块，用于给检测模块提供侧照光；可视化模块，实时查看检测模块的免疫层析的检测结果；图像采集定量分析模块，用于获取所述检测模块的检测信号并进行分析。一方面，通过在定量分析平台上增加了可视化显示窗口，实现了检测信号的可视化显示和同步定量双功能。另一方面通过调整光源参数、图像采集定量分析模块参数和可视化显示模块参数实现检测平台兼容扩展到胶体金、荧光、量子点等模式。