本申请提供了一种基于混合进化算法的柔性作业车间调度方法和系统，包括步骤：构建基于设置时间和加工时间的多时间约束的柔性作业车间调度模型，并设置约束条件；对工件加工的机器选择部分和工序排列部分进行分段式整数编码和解码操作；对混合进化算法的种群进行初始化处理得到父代种群；对父代种群基于邻域进行交叉操作和变异操作得到第一种群，对父代种群基于邻域进行本地搜索得到第二种群；对第一种群和第二种群进行精英保留操作得到精英种群；当混合进化算法满足迭代终止条件，根据精英种群对柔性作业车间调度模型求解，并对柔性作业车间进行调度。采用智能算法对调度问题进行解决可以帮助车间寻找到最优的调度方式，有效提升生产效率。