本发明属于脑机接口的运动想象领域，具体涉及一种基于皮层源信号的脑电运动意图识别方法及系统，包括结合构建的头部模型，将目标对象头皮产生的脑电信号映射到大脑皮层源信号空间；遍历与运动想象区域有关区域的源，获取所有源的幅值，采用最大幅值的0.5倍作为筛选阈值；筛选幅值不小于筛选阈值的源，称为采样源集；从采样源集中选择选定源，并利用共空间模式提取选定源的特征向量，采用特征值训练运动意图识别模型；获取待识别脑电信号的特征向量，将其输入训练好的运动意图识别模型获得对应的运动意图；本发明克服了头皮脑电信号低空间分辨率的问题，同时减少了容积导体效应带来的噪音，提高了运动想象识别准确率。