本申请实施例提供了基于防疫大数据的电子证件标记方法、系统及可读存储介质。该方法，包括：获取用户的证件信息，根据用户的证件信息在公共管理数据库中获取用户的身份特征信息，根据用户的身份特征信息获取用户防疫信息数据，根据用户防疫信息数据生成防疫身份标识信息，根据防疫身份标识信息对用户电子证件进行标记；从而基于防疫大数据对用户证件信息进行处理获取身份特征信息并提取用户防疫信息数据生成防疫身份标识信息并对用户电子证件进行标记，实现根据用户身份信息、防疫安全信息的采集和处理对用户动态安全风险状况在电子证件进行标识，提高对用户防疫安全风险的精准识别防控，增加用户电子证件的安全辨识度。