本发明公开了一种抗菌壳聚糖衍生物及其制备方法和应用，涉及壳聚糖领域。抗菌壳聚糖衍生物包括乙酰基硫脲羧甲基壳聚糖衍生物、氯乙酰基硫脲羧甲基壳聚糖衍生物和苯甲酰硫脲羧甲基壳聚糖衍生物中的一种，抗菌壳聚糖衍生物由羧甲基壳聚糖与酰基硫氰酸酯进行加成反应获得，酰基硫氰酸酯中的酰基为乙酰基、氯乙酰基和苯甲酰基中的一种。本申请制备的酰基硫脲羧甲基壳聚糖衍生物属于高分子物质，相较于壳聚糖，具有更好的水溶性和更优异的抗菌效果；相较于接枝金属离子类型，本抗菌物质分散在应用基材时不容易发生迁移，比接枝金属离子类的时效更长，同时制备工艺简单、原料易得且对环境污染小。