本发明公开了一种具有絮凝和抗菌双重性能的壳聚糖衍生物的制备方法，即肉桂酸改性壳聚糖季铵盐衍生物，壳聚糖的季铵化程度为18.36％，肉桂酸的结合率为15.45‑22.39％；具有絮凝和抗菌双重性能的壳聚糖衍生物的制备方法，其包括，首先，通过将壳聚糖进行季铵化改性，引入强阳离子季铵盐基团，得到壳聚糖季铵盐衍生物，增强阳离子性质和水溶性；再将肉桂酸引入壳聚糖季铵盐上，增强抗菌活性，制备得到具有絮凝和抗菌双重性能的壳聚糖衍生物，即肉桂酸改性壳聚糖季铵盐衍生物。本发明制备方法简单，成本低，提纯方法简便，性质稳定，得到的肉桂酸改性壳聚糖季铵盐衍生物具有良好的絮凝和抗菌双重性能，在水处理领域具有很好的应用前景。