本发明提出一种毛囊干细胞外泌体的分离方法及应用，涉及生物医学技术领域。该方法以聚乳酸和聚乙烯醇作为聚合原料进行聚合制得多孔微球，将其填充在尺寸排阻柱中，不仅能够有效降低外泌体的黏附作用，避免堵塞的情况的产生，还可有效缩短分离时间，提升分离效率；通过海藻酸钠使得微球内部及表面形成致密且均匀的多孔结构，能够有效提升分离效果，从而提升外泌体的纯度和浓度，达到预期效果；多孔微球的制备方法简单便捷，易达到批量化工业生产的效果，实现经济利益最大化。由毛囊干细胞分离获得的外泌体试用具有较好的防治脱发效果。