本发明属于医疗器械技术领域，尤其涉及一种具有高效散热结构的医用内窥镜荧光冷光源摄像系统。本发明针对现有技术中内摄像系统散热较差的问题，提供一种具有高效散热结构的医用内窥镜荧光冷光源摄像系统，包括通过导光束相连接的光源系统和摄像系统，所述摄像系统包括摄像主机和位于摄像主机内的摄像模组安装空间，所述摄像模组安装空间内设有固定连接在摄像主机上的安装架，所述安装架上设有芯片，还包括具有风冷结构和水冷结构的高效散热装置，所述水冷结构位于高效散热装置的表面，所述高效散热装置连接在芯片上。本发明同时具有风冷结构和水冷结构，两种冷却方式相互配合保证对芯片具有较好的冷却效果。