本发明公开了一种基于微胶囊相变蓄能的寒区路基冻害防治控制系统与方法，该控制系统包括供电系统、数据监测系统、微处理控制系统、蓄冷蓄热系统，供电系统分别与数据监测系统、微处理控制系统、蓄冷蓄热系统连接；数据监测系统通过微处理控制系统与蓄冷蓄热系统连接；蓄冷蓄热系统包括蓄冷系统和蓄热系统；微处理控制系统用于控制蓄冷蓄热系统。除温度传感器外，本发明还设置了车流传感器和含水量传感器，能够更加准确地控制路基温度，并及时调整制冷制热量，提高了整体效率；通过在保温层与砂垫层之间设置相变蓄能板，能使道路路基始终保持常温，减小冻融循环作用对道路路基造成的损伤。