本发明提供一种双三相永磁同步电动机控制方法及系统，属于电机控制技术领域，双三相永磁同步电动机的中性点互相隔离，在健康模式下将两套三相绕组中的六相电流解耦至两个d‑q坐标系中，得到两套正交电流，将两套正交电流的给定值和反馈值做差，进行电流闭环调节，分别提取出对应电压的最大值和最小值，并计算出零序分量电压，将两个零序电压分量相加得到调制信号，并将调制信号与载波信号进行比较得到驱动信号。本发明可实现双三相永磁电机在两种容错模式下的智能切换和动态负载调节功能，既满足了不同场合转矩性能，还提高了系统运行的可靠性，同时具有操作简单、易于实现的优点，可广泛应用于高可靠性的电气传动场合。