本发明公开了一种基于电喷法的多腔室微球及其制备方法。本发明所述制备方法为：首先制备含核层和壳层通道的同轴针；其次制备海藻酸钠溶液和一种或多种含负载物的混合液；再次用注射器分别吸取混合液，并推入同轴针不同的核层通道；壳层通道通入无添加海藻酸钠溶液；最后连接高压电源与同轴针的金属部位；微球接收装置与接地线的铜板连接，打开泵及高压电源，使同轴针出口形成的具有分区分层结构的前驱体溶液落入接收装置后，搅拌、过滤，得到多腔室微球成品。本发明一步形成具有核壳结构的多腔室微球，降低了装载成份在制备过程的损耗，提高了对装载成分的保护和禁锢，同时可实现对加载药物释放速率的调控，在工业化生产中具有优势。