本发明适用于电机控制器相关技术领域，提供了一种步进电机控制器，包括控制器主体，还包括：端头密封组件，端头密封组件对称设置在控制器主体的两端，其中，端头密封组件包括固定连接在控制器主体两侧的两个第一密封主体，对称设置的与两个第一密封主体一一对应配合的两个第二密封主体，每组对应的第一密封主体和第二密封主体之间配合设置由于第一密封单元，本发明通过第一密封单元的设置，在第一磁力环和第二磁力环的磁力相吸的作用下，使得第二密封主体稳定的连接在第一密封主体上设置的贯通槽内，并且通过环形密封圈的设置进一步提高密封度，再通过密封螺纹销进行稳定的连接，整体装置安装简单且便于拆卸，具有较高的实用性。