本发明公开了一种基于暗探针技术的NGS靶向捕获方法及其在差异深度测序中的应用。本发明提供了一种同时检测全基因组目的区域范围内外显子和SNP位点的靶向捕获高通量测序方法，包括：根据所述目的区域的核苷酸序列设计能够捕获所述目的区域内全部外显子和全部SNP位点的两组原始探针；两组原始探针中有一组同时存在标记和不标记的两种形式，另一组只存在标记形式；将两组探针按照标记探针比例不同进行配比组合然后与待测基因组文库杂交，得到捕获文库；高通量测序。本发明的暗探针捕获法比标准的外显子测序操作相同的单管反应下根据不同区域的需求控制测序覆盖度，显著提高NGS的数据利用率。本发明的暗探针方法可以作为WGS的高性价比的替代方案。