本发明提供了一种异黄酮肽复合物、制备方法及其应用以及一种含有异黄酮肽复合物的客家娘酒，属于食品加工技术领域，克服了现有技术中大豆异黄酮生物利用率低、客家娘酒种类较少等问题。本发明提供的异黄酮肽复合物以及进一步制备的客家娘酒具有良好抗氧化性，通过发酵过程实现了糖苷型异黄酮向苷元型异黄酮的转化，保留了具有缓解疲劳的功能型的大豆肽以及活性更强的苷元型异黄酮，具有更高的营养价值以及保健功效。通过本发明得到的含有异黄酮肽复合物的客家娘酒清除DPPH自由基的能力和ABTS自由基清除能力更强，且客家娘酒的发酵过程使糖苷型异黄酮转化为苷元型异黄酮，更有利于人体吸收。