本申请涉及水位智能预测的领域，其具体地公开了一种基于水位联动的水位预测方法及其系统，其采用基于上下文的编码器模型对每个水位站在各个时间点的水位数据进行编码处理，同时使用卷积神经网络对所述各个水位站的拓扑矩阵进行特征提取，进一步再将所述各个水位站的水位特征映射到拓扑特征空间中，并且采用基于序列进化的约束因数来构造损失函数，从而使得通过更新第二卷积神经网络的参数来促进信息融合，以对于所述水位特征信息与所述拓扑特征信息的融合程度进行判定。这样，可以提高对于水位预测的准确性，以确保船舶的安全航行。