本发明公开了一种电缆贯通供电系统接触网短路分段保护方法，在接触网的每个牵引变压器处进行分段并设置为牵引所，牵引所包括牵引变压器、馈线电流互感器、馈线断路器，相邻的两个牵引所构成一个分段回路，每个分段装设一个故障分量测控单元，对应分段的电流互感器次边与故障分量测控单元的输入端相连，故障分量测控单元的输出端与牵引所的断路器控制端相连，各故障分量测控单元通过传输网络与调度室相连。本发明通过故障分量电流瞬时采样值构成接触网纵差电流分段保护，能够准确切除接触网故障分段回路而非故障分段回路继续运行，将故障范围降到最低，并且该方法不受负荷电流和接触网分布电容的影响，同时也提高了允许过渡电阻的能力。