本发明涉及转发式卫星通信技术领域，公开了一种透明转发式卫星通信的多普勒频率预测方法及系统，该方法包括：获取第一额定中心频率、第二额定中心频率、第三额定中心频率、第四额定中心频率；基于第一额定中心频率，获取卫星转发后的第一下行信号的预测频率；基于预测频率、第一额定中心频率、第二额定中心频率，获取多普勒频率偏差；根据多普勒频率偏差、第三额定中心频率，获取频率补偿量；根据频率补偿量，获取第二上行信号的第四预测频率；基于第四预测频率、第四额定中心频率，获取第二下行信号的第五预测频率。本发明可以根据第五预测频率进行搜索信号，从而大大缩小多普勒搜索范围，降低系统入站信号捕获的硬件代价。