本发明涉及一种环保型全自动冲孔数控机床及其控制方法，包括工作台（1），工件（3）放置在工作台（1）上，工件（3）周围设有挡屑板（4），工件（3）上方设有钻头支架（2），钻头装置（99）在钻头支架（2）上进行水平方向移动或垂直方向移动，其特征在于：还包括可移动的金属碎屑去除装置（5），工件（3）被钻头装置（99）冲孔时，金属碎屑去除装置（5）移动至工件（3）的上方产生的负压将工件（3）冲孔产生的金属碎屑吸附；当工件（3）未被钻头装置（99）作用时，金属碎屑去除装置（5）移动至工件（3）的下方输出清洗水将收集的金属碎屑以及工作台（1）上的金属碎屑冲洗至收集箱中。