本发明公开了一种提高银杏叶中银杏萜内酯含量的微生物功能菌群及其制备和应用。本发明的微生物功能菌群具有多菌种、多功能和易定植的特性，能有效提高土壤有机质含量，加快物质转化，促进植物生长和物质合成，而且具有拮抗重金属离子、解钾、解磷、固氮的功能。将所述功能菌群施用于银杏苗，在九、十月份，银杏叶中银杏内酯A、银杏内酯B、银杏内酯C和白果内酯的含量增加分别在74％‑79％、61％‑67％、70％‑77％和59％‑79％之间，总银杏萜内酯增加量在59％‑75％之间。本发明解决了现有银杏叶中银杏萜内酯含量低、生产方法不成熟的问题，以减少化学肥料的使用，并显著提高了银杏叶中银杏萜内酯含量。