本发明公开了一种基于协同果蝇算法的多目标云工作流调度方法，包括：基于分解策略将问题编码为多个子问题，构造问题空间；采用基于参考点的聚类策略动态地将候选解划分为多个群体，保证候选解良好的分布性；基于非线性权重向量和两个任务分配规则设计了初始化策略来构造问题空间中所有候选解的初始位置；在基于气味的协同觅食策略中嵌入三个邻域操作算子执行全局搜索；在基于视觉的局部搜索策略中应用基于子群体的交叉算子执行局部搜索。本发明的优点是：有机结合了果蝇优化算法与云计算环境中工作流调度的问题特征，克服了传统工作流调度算法计算耗费高、求解精度低、调度方案单一以及资源分配依赖专家知识等一系列困难，通过提供一组互不支配的调度方案使云资源用户根据需求选择合适的调度策略。本发明适用于公有云环境中大型工作流的调度，发明具有普适性。