本发明提供一种基于磁场调控的纳米颗粒自组装沉积方法，属于纳米颗粒自组装技术领域。该方法包括：步骤一：搭建基于磁场调控的喷墨打印沉积设备；步骤二：将墨水置于喷墨打印设备中，所述的墨水为磁流体墨水或者磁性纳米颗粒墨水；步骤三：设计打印线路打印或者使用移液器涂布点阵及线路，启动亥姆霍兹线圈通电施加磁场，将打印基底置于恒温加热基座上，通过喷墨打印在基板上沉积单层微结构磁链图案；步骤四：通过改变磁场的方向，将微结构磁链进行融合和叠加，形成多层微结构图案。本发明的方法通过亥姆霍兹线圈施加水平磁场，恒温加热基座控制液滴蒸发速度，能够实现均匀沉积图案及密集平行链状微结构沉积图案的制备。